Afin de mettre en œuvre le réseau Natura2000 sur son territoire, le France a opté pour une démarche concertée et une gestion contractuelle des sites, laissant une large place aux collectivités locales.
* Démarche concertée et contractuelle
Le comité de pilotage (COPIL), présidé par un élu local, regroupe l’ensemble des acteurs concernés par le site. Il est chargé d’examiner, amender, valider les documents et propositions préparées et formulées par le chargé de mission Natura 2000 en collaboration avec les groupes de travail.
Le document d’objectifs (DOCOB) établit un diagnostic du site et détermine de façon pratique les modalités de gestion sous forme d’actions contractuelles.
* Les outils
Les contrats Natura 2000 ou les Mesures Agro-Environnementales (spécifiques aux agriculteurs) permettent la mise en œuvre d’actions concrètes, volontaires, rémunérées ou aidées, en faveur de la réalisation des objectifs du DOCOB.
La charte Natura 2000 est constituée d’une liste d’engagements de « bonnes pratiques » ne donnant pas lieu à rémunération mais ouvrant droit à des exonérations fiscales.
L’évaluation d’incidences vise à concilier projets d’aménagement et préservation de l’environnement.
Certains projets d’aménagement susceptibles d’affecter de façon notable un site Natura 2000 font donc l’objet d’une évaluation d’incidences (projets mentionnées dans le décret d'avril 2010 pour la liste nationale et l'arrêté régional juin 2011 pour la 1er liste locale). L'objectif est de prévenir les éventuels dommages, directs et indirects, par la mise en place de mesures d’adaptation ou de compensation visant à atténuer ou éliminer les impacts.