L'évaluation des incidences procède par étapes, en s'appuyant sur un dossier qui comprend (art. R 414 - 23 du code de l'environnement) :
1. Dossier simplifié :
- une description du projet ou de la manifestation
- une carte permettant de le localiser par rapport au périmètre Natura2000
2. Dossier complémentaire :
- analyse des effets notables, temporaires ou permanents, que les travaux ou aménagements peuvent avoir sur l’état de conservation des habitats naturels ou des espèces qui ont justifié la désignation du site
- mesures de nature à supprimer ou réduire ces effets dommageables, ainsi que l’estimation des dépenses correspondantes
- raisons pour lesquelles il n’existe pas d’autre solution satisfaisante et les éléments qui permettent de justifier la réalisation du programme ou projet sous certaines conditions
- mesures que le maître d’ouvrage ou le pétitionnaire envisage, en cas de réalisation du programme ou projet, pour compenser les effets dommageables que les mesures prévues ne peuvent supprimer, ainsi que l’estimation des dépenses correspondantes.