Les habitats et les espèces du site Natura 2000 des Reculées de la Haute Seille peuvent être soumis à des menaces qu'il convient de réduire pour les maintenir dans un bon état de conservation.
Cela peut être :
- de l'embroussaillement, conséquence de l'abandon de l'entretien des milieux
- de l'envahissement par des espèces invasives : espèces introduites ayant un fort pouvoir colonisateur (Renouée du Japon, Berce du Caucase, Balsamine de l’Himalaya…)
- une exploitation non adaptée (coupe à blanc dans les zones forestières...)
- des dégradations diverses et localisées : érosion due à la fréquentation, remblais sauvages, décharges...
- des pollutions diverses (déchets, hydrocarbures...)
Les enjeux de conservation du site Natura 2000 sont la préservation des habitats de pelouses sèches contre l'embroussaillement, la lutte contre la prolifération des espèces invasives, et notamment de la Renouée du Japon le long de la rivière Seille, la restauration du petit patrimoine naturel (haies, mares...), le maintien des habitats des espèces animales et végétales...
Tous ces enjeux, mis en évidence dans le document d'objectifs, se traduisent par des "fiches actions" qui détaillent les opérations techniques à mettre en œuvre pour répondre aux objectifs de conservation du site.