Le document d'objectifs (DOCOB) du site a déterminé un certains nombre d'actions qu'il était nécessaire de mettre en place pour conserver ou restaurer le bon état de conservation des habitats et espèces.
Il s'agit par exemple d'arracher les espèces végétales invasives comme la Berce du Caucase, de débroussailler des pelouses sèches, de faucher des prairies naturelles, de curer (de manière douce!) des mares...
Ces actions ont un coût parfois important qu'un propriétaire privé, une association, une collectivité ne peut pas forcément supporter. C'est pourquoi des contrats Natura 2000 (pour les surfaces non agricoles) et des mesures agro-environnementales ou MAE (pour les surfaces agricoles), prévoient une aide financière publique pour la réalisation de ces opérations.
La CCCHS participe également à la mise en œuvre d’un autre outil (hors cadre Natura 2000) : la gestion conservatoire. Cet outil est mis en place par le Conservatoire des Espaces Naturels de Franche-Comté, financé en partie par la CCCHS, sur un réseau de pelouses sèches appartenant à la commune de Baume-Les-Messieurs.
Enfin, le DOCOB reconnait une série de "bonnes pratiques" qu'il est nécessaire de maintenir ou d'encourager. La Charte Natura 2000 propose des recommandations et engagements qui n'impliquent pas d'investissement financier mais reconnaissent des pratiques favorables aux habitats et espèces.
